از جمله بیانات تقریر شده آیت الله سید عبدالله فاطمی‌نیا با موضوع فضائل و مناقب امام باقر علیه‌السّلام:
امام باقر علیه‌السّلام به عنوان یک امام معصوم مقامی دارد که از قول ما خارج است. فضائل و مناقب امام علیه‌السّلام زیاد است. امام شکافنده علوم است. در اینجا به بررسی این می‌پردازیم که ببینیم ائمه بزرگوار چه نقشی به گردن ما دارند؟ و اینها را ما شیعیان باید حتما بدانیم.
راجع به عصر امام علیه‌السّلام و آن فشاری که بر وجود نازنیش بر آن در آن عصر ظلمانی بر ایشان وارد شد صحبت می کنیم. امام باقر علیه‌السّلام نهضت علمی فرمودند آن هم در آن زمان، واقعا آدم دلش می‌سوزد. تمام زندگی اینان مصیبت و دردآور است که یک امام نازنین در عصر ظلمت بار ملعونه بنی‌امیه زندگی می‌کردند. بنی‌امیه بودند، ظالم بودند و عبدالملک بن مروان یکی از خلفای جور آن زمان بود خیلی با امام علیه‌السّلام دشمنی داشت. به والی خود در مدینه نوشت که امام باقر علیه‌السّلام را دستگیر کن. این والی نامه‌ای نوشت: شما چیزی بگید من سرپیچی نمی‌کنم ولی چون من جان تو را دوست دارم و بقای تو را می خواهم، این آقا که شما دستور دستگیری او را می دهید، این آقا امروز یگانه روی زمین است. این آقا که شما دستور دستگیری‌اش را می دهید وقتی در محرابش قرآن می‌خواند پرندگان و وحوش دور محرابش جمع می شوند و استماع می‌کنند. البته اینجا می‌خواهد قرآن خواندن به صدای زیبای امام را ترسیم کند. چرا که صدای امام علیه‌السّلام بسیار زیبا بوده است.
عبدالملک زمانی که نامه را می‌خواند از دستگیری حضرت منصرف می‌شود. بعد از مدتی یک گرفتاری اقتصادی پیش می‌آید و دست به دامن امام شد چرا که پول مسلمین به پول امپراطوری روم وابسته بود. از خودشان پول نداشتند از خودشان. از خیلی‌ها نظر خواست و شوراها به پا کردند. علمای متعصب اهل تسنن هم نوشته‌اند که کسی گفت: اینقدر این در و آن در نزن! بر تو باد دست به دامن باقر اهلبیت علیه‌السّلام باشی. خلاصه خلیفه دشمنی را متوقف کرد و داستان را بیان کرد و امام علیه‌السّلام دستور داد و کاری کرد که پول مسلمین مستقل شد. امامان ما در تمام عرصه‌ها خدمت می‌کردند و مظلوم‌ترین فرد نیز بودند. بنی‌امیه بسیار خبیث بودند. در این عصر آنقدر فشار بر حضرت باقر علیه‌السّلام وارد شد که دور تا دور حضرت دشمن بود. تمام خلفای بنی‌امیه بدتر از هم بودند.
من از امام زمان عجل الله فرجه الشریف معذرت می خواهم این حرف را می‌زنم، کار به جایی رسیده بود که در خطابه‌های نماز جمعه یکی از شرایط صحت خطبه را العیاذ بالله ناسزا به امیرالمومنین علیه‌السّلام بگویند. استثنا عمر بن عبد العزیز که از خلفای اموی بود که با بقیه فرق داشت در اینجا نمی‌خواهیم او را تمجید کنیم تنها می‌خواهیم از کار خوبش صحبت کنیم، دستور داد ناسزا به علی علیه‌السّلام نگویید و به جای آن این آیه شریفه را بخوانید: إِنَّ اللّهَ يَأْمُرُ بِالْعَدْلِ وَ الإِحْسَانِ وَ إِيتَاء ذِي الْقُرْبَى وَ يَنْهَى عَنِ الْفَحْشَاء وَ الْمُنكَرِ وَ الْبَغْيِ يَعِظُكُمْ لَعَلَّكُمْ تَذَكَّرُونَ. (سوره نحل آیه 90) أهلبیت علیهم‌السّلام و شیعیان از این امر خوشحال شدند و تشکر کردند و زشتی را از این خاندان دور کرد.
حضرت باقر علیه‌السّلام نهضت علمی کرد، ابن حجر مکی که عالم سنّی تندی است تعبیری دارد که تعبیر به این زیبایی حتی در کتب شیعه پیدا نمی‌شود: امام باقر علیه‌السّلام پرچمدار علم در جهان است. لقب باقر علیه‌السّلام که به او داده اند، از شکافتن مشتق است. چرا به او شکافنده می‌گویند؟ زیرا او گنج‌های دفن شده علم را بیرون می‌آورد.
ابن حجر مکی می گوید: امام در مقامات عارفین حرف‌هایی زده است که زبان وصف کنندگان عاجز است که آن را بگوید. این حرفها مخفی نیست مگر برای کسی که سیرتش خوب باشد. در آن عصر و زمان، امام علیه‌السّلام نهضت علمی کرد. 482 عالم ایشان پرورش داد. در جایی که شیعه تحت نظر بود. که چه می کنند و کجا می روند؟
امام سجاد علیه‌السّلام در فشار بیشتری بوده است، یک نفر به امام سجاد علیه‌السّلام می‌گوید: پسر پیامبر چگونه ایام را گذراندید؟ ما آن ایام را صبح کردیم در حالی که به علت انتساب پیغمبر جور بود و امان نداد. اما بقیه مسلمانان در امانند چون نسبشون به پیامبر نیست. امام سجاد علیه‌السّلام در این شرایط نهضت علمی کرد. امام زین العابدین علیه‌السّلام نهضت علمی کرد و قبل او سیدالشهداء علیه‌السّلام نهضت علمی بود که به شهادت منجر شد. ارادتمندان امام حسین علیه‌السّلام اینها را بدانند. امام حسین علیه‌السّلام خون و جان داد که نهضت را از نادانی بیرون بیاورد و این نهضت علمی است.
امام سجاد علیه‌السّلام مدرسه را به نور دیده اش امام باقر علیه‌السّلام سپرد و ایشان به امام صادق علیه‌السّلام سپردند. در این دوران خدا شرایطی فراهم کرد که این مدرسه گسترده شد و در دنیا صدا کرد. شیخ مفید می فرماید : از هیچ امامی به اندازه امام صادق علیه‌السّلام مطلب نقل نشده است. و دشمنانی درست شد.
چطور شد که راه افراد حاضر در این مدرسه را کج کردند؟ بعد از شهادت امام صادق علیه‌السّلام، مسیر را منحرف کردند. امام صادق علیه‌السّلام مرگ پسرش را صورت‌جلسه کرد. آیا تا به حال این مورد را شنیده‌اید؟ و قدم به قدم جنازه را زمین می‌گذاشت و روی جنازه را باز می‌کرد. تا مردم ببینند. و این مدرسه باید به دست موسی بن جعفر علیه‌السّلام برسد. این موضوع تا قرن ششم کشید.
امام صادق علیه‌السّلام نقل می‌کنند: در شب وفات پدر امام باقر علیه‌السّلام گفت: امشب شب آخر عمر من است. امشب پدرم علی بن الحسین علیه‌السّلام برایم شربتی آورد. حجره‌ای که روح مقدسش پرواز کرده بود امام صادق علیه‌السّلام دستور داده بود چراغ روشن کنند.
